Klášter klarisek byl v Olomouci založen podle pověsti Kunhutou ze Žerotína ve 40. letech 13. století, a to vedle špitálu sv. Ducha na Předhradí. První písemná zmínka o něm pochází z roku 1298 z listiny krále Václava II. Klášter byl původně zřejmě vybudován ve stylu rané gotiky a do vypuknutí husitských válek minimálně jednou přestavován, respektive dostavován. Již v 1. polovině 18. století se podle svědectví písemných pramenů klášter nacházel v havarijním stavu, proto byla roku 1754 zahájena jeho postupná a radikální barokní přestavba. Nejprve vzniklo na skále podél městských hradeb severní křídlo konventu s refektářem, které bylo dokončeno roku 1759, pak následovala obě boční křídla, přičemž byly původní budovy kláštera zcela odstraněny, místy až do podloží skály. Přestavba byla realizována olomouckým zednickým mistrem Matějem Kniebandlem. V roce 1772 byla započata přestavba kostela sv. Kláry podle plánu olomouckého stavitele Václava Bedy.

"Oprava krovů a částečná výměna střešní krytiny v předpokládané výši téměř 40 milionů korun  probíhá ve čtyřech etapách. Během poslední z nich, která zasáhne jižní křídlo muzejní budovy v létě 2020, bude nutné z důvodu bezpečnosti přesunout stávající tramvajovou zastávku na náměstí Republiky," sdělil ředitel muzea Břetislav Holásek. "Opravy byly započaty z důvodu rozsáhlého napadení krovů dřevokazným hmyzem i houbami. Krovy jsou pod pečlivým dohledem olomouckých památkářů vyměňovány buď celé, nebo částečně nahrazovány novými. To vše podle akutního stavu dřeva," doplnil Holásek.

Celá rekonstrukce je plánována na dobu šestnácti měsíců, tedy do konce léta roku 2020. Muzeum bude po dobu rekonstrukce pro veřejnost zpřístupněno bez omezení.