Samotný hřbitov byl zrušen už roku 1784, nicméně nejstarší hroby pochází z průběhu vrcholného středověku. Výzkum odkryl celkem 98 hrobů na současném nádvoří děkanátu, dalších 486 hrobů bylo prozkoumáno v nově budovaném suterénu pod severním křídlem budovy. Jedná se tak o největší archeologicky zkoumaný hřbitov v intravilánu města na střední Moravě. V některých hrobech byly nalezeny součásti oděvu nebo pohřebního rubáše, zejména v barokních hrobech pak byly nalezeny také četné milodary – křížky, růžence, medailony či škapulíře.

V současné době probíhá antropologická analýza kosterních pozůstatků, kterou provádí dr. Lukáš Šín z Archeologického centra Olomouc. Analýza sice ještě není zdaleka u konce, ale v průběhu přináší zajímavá zjištění, jako například doklady různých chorob našich předků. Příkladem je nález hrobu H210 se značně deformovanými kostmi. Jak ukázala analýza, šlo o jedince nakaženého syfilidou. Infekcí byla zasažena téměř celá část dochovaného skeletu horních a dolních končetin spolu se žebry, a to v podobě masivní chronické periostitidy, tedy zánětu povrchových obalů kosti – okostice. Zánět způsobil nejen zbytnění kostí, ale především značné bolesti postiženému jedinci.

Syfilis představuje pohlavní infekci pandemicky se šířící Evropou od konce 15. století. Za masivním rozmachem této infekce stojí pohyb vojsk účastnících se bojů francouzského krále Karla VIII. o neapolský trůn. Jako u jedné z mála specifických infekčních chorob se její průběh manifestuje na lidských kosterních pozůstatcích. Podle odborníků z Národního památkového ústavu ovšem pandemické šíření syfilidy od raného novověku nekoreluje s počtem syfilitických skeletů dokumentovaných v archeologických kontextech. Nízký počet identifikací syfilidy je jednak způsoben nízkou rezistencí vůči chorobě u populací žijících v 15. století. A dále se syfilida projevuje na kostře v konečném stádiu nemoci (zhruba po 15 až 20 letech po vstupu infekce do těla), této fáze se pak velká část nakažených nedožila ani ve stoletích pozdějších. Tedy zjištění projevů syfilitické infekce na skeletu z hrobu H210 představuje ojedinělý nález.

Po ukončení výzkumu a rekonstrukce budovy byl v dlažbě nádvoří na Křížkovského 10 vyznačen i půdorys gotického kostela sv. Petra a Pavla. Jeho existenci také připomene letošní Noc kostelů, při které bude v pátek 24. května probíhat prezentace kostela i zjištění archeologického výzkumu.